Introduction
Le diagnostic prénatal non invasif (DPNI) a révolutionné le domaine de la génétique prénatale, offrant aux couples à risque de transmission de maladies monogéniques une option plus sûre et moins invasive que les procédures traditionnelles telles que l'amniocentèse ou la biopsie de villosités choriales. Cet article explore les conditions et implications du DPNI, en mettant en lumière les avancées technologiques et les défis éthiques associés à cette pratique.
Diagnostic Prénatal Non Invasif (DPNI) d'Exclusion par Séquençage Haut Débit (SHD)
Contexte et Objectifs
Depuis 2022, de nombreux laboratoires proposent aux couples à risque de transmission de maladie monogénique la réalisation d’un DPNI d’exclusion par PCR digitale en gouttelettes (ddPCR). Cependant, cette technique nécessite une étape de mise au point et de validation préliminaire longue. Face à l'augmentation constante des demandes de DPNI, l'objectif est de réduire ce délai et de répondre à l'afflux d'analyses. Une méthode alternative prometteuse est le DPNI d'exclusion par séquençage haut débit (SHD) d'un panel de gènes.
Méthodologie
L'ADN libre circulant (ADNlc) est extrait à partir de 5 à 10 ml de plasma maternel en utilisant le kit QIAamp MinElute ccfDNA (Qiagen). Les librairies de séquençage sont réalisées sur l’ADNlc et l’ADN génomique parental par capture d’un panel de 716 gènes avec le kit SureSelect XTHS2 (Agilent technologies). Le séquençage est effectué sur un instrument NextSeq2000 (Illumina) en 2x150pb et analysé avec le logiciel Dragen v3.7.4. Le taux d’erreur de séquençage est calculé grâce aux SNP homozygotes identiques chez le père et la mère. La mesure de l’absence d’amplification d’allèle, « allele drop-out » (ADO), est évaluée en recherchant sur l’ADNlc les SNP homozygotes du père et absents chez la mère.
Résultats
La profondeur de séquençage de chaque échantillon d’ADNlc varie de 136X à 382X (médiane : 278X). Le taux d’erreur de séquençage moyen est de 0.12±0.0002% sur l’ADN libre circulant, comparable à celui obtenu sur l’ADN génomique des parents (0.13±0.0002%). Les mesures d’ADO varient entre 0 et 7.7% (moyenne : 5.03% ±2.3%) selon les échantillons. L’analyse au cas par cas montre que la présence d’un ADO est liée à la fraction fœtale, à la profondeur de séquençage et à l’environnement nucléotidique du variant. Les fractions fœtales obtenues par SHD varient de 3.92% à 16.57% et sont parfaitement corrélées à celles obtenues par ddPCR.
Conclusion
Cette étude valide la faisabilité du DPNI par SHD d’un panel de gènes pour le DPNI d’exclusion et fixe les seuils d’ADNlc et de fraction fœtale permettant de rester dans un risque d’erreur (faux positifs/négatifs) acceptable dans le cadre d’un diagnostic prénatal.
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Dépistage Néonatal de l’Amyotrophie Spinale Infantile (SMA)
Contexte et Objectifs
Le dépistage néonatal de l’amyotrophie spinale infantile (SMA) a été déployé en France dans le cadre du projet préfigurateur DEPISMA dans 2 régions françaises depuis décembre 2022 et sa généralisation sur tout le territoire français a débuté le 1er septembre 2025. Cette pathologie neuromusculaire grave, liée à des anomalies du gène SMN1, bénéficie aujourd’hui de traitements innovants (thérapie génique ou modulateurs de l'épissage du gène SMN2) qui ont démontré une efficacité optimale lorsqu’ils sont administrés en phase présymptomatique. Le dépistage néonatal a donc pour objectif d’identifier précocement les enfants atteints afin de leur garantir un accès rapide à une prise en charge adaptée.
Cas Clinique Illustratif
Un nourrisson dépisté dans ce contexte, chez qui une délétion homozygote du gène SMN1 a été détectée par qPCR à l’étape du dépistage. L’examen clinique réalisé immédiatement après ce résultat suggérait une aréflexie ostéotendineuse, compatible avec une suspicion de SMA. Toutefois, le profil ddPCR à l’étape de confirmation apparaissait atypique, avec une double population de gouttelettes, ce qui a conduit à réaliser un séquençage ciblé de l’exon 7 du gène SMN1. Cette analyse a permis d’identifier un variant ponctuel c.842G>C;p.(Arg281Thr) et d’interpréter différemment le génotype : le patient est finalement porteur d’une délétion sur un allèle et du variant ponctuel sur le second allèle du gène SMN1 et de deux copies du gène SMN2. Ce variant ponctuel empêchant l’hybridation de la sonde de qPCR est à l’origine de l’erreur de génotypage lors du dépistage néonatal. Une réévaluation clinique réalisée après identification de ce variant a montré la présence de réflexes ostéotendineux et l’absence d’hypotonie, éléments rassurants. La situation demeure néanmoins incertaine : le variant pourrait être pathogène, conférant un risque élevé de développer une SMA, ou bénin, ce qui correspondrait à un faux positif du dépistage. Dans l’attente de sa reclassification, l’enfant n’a pas reçu la thérapie génique habituellement proposée en période présymptomatique, mais bénéficie d’une surveillance clinique étroite afin de détecter tout signe évocateur de la maladie.
Conclusion
Ce cas clinique illustre l’importance de l’étape de confirmation et la difficulté, pour les couples, de détenir une information de signification incertaine. Les résultats des différentes méthodes de confirmation utilisées en France et leur fiabilité dans ce type de situation sont essentiels pour une prise en charge adéquate.
Découverte Incidente Anté-Natale de CMMRD (Constitutionnal Mismatch Repair Deficiency)
Contexte et Objectifs
Le séquençage d’exome en anténatal est proposé devant des signes échographiques évocateurs de pathologie syndromique ou de particulière gravité. Cette analyse expose à la découverte de données incidentes.
Cas Clinique Illustratif
A 28 SA, 3ème grossesse d’un couple non apparenté, a été identifiée une ventriculomégalie modérée (11,5 mm à gauche) et un pied droit varus. Les échographies (T1 et T2) étaient sans particularité. La réalisation d’une analyse en QF-PCR à la recherche d’aneuploïdie et l’analyse chromosomique par CGH-array étaient sans anomalie. Le séquençage de l’exome pré-natal en trio est non conclusif quant à la venticulomégalie. Cependant des données incidentes ont été identifiées: une première concerne le gène RYR1: un variant pathogène du gène RYR1 a été identifié chez le fœtus, hérité du père, une deuxième concerne le gène PMS2: deux variants pathogènes différents du gène PMS2 ont été identifiés chez le fœtus, chacune héritée d'un des parents, conférant un statut d’hétérozygote composite au fœtus, posant le diagnostic de syndrome CMMRD. Ce syndrome de prédisposition héréditaire au cancer, rare et sévère, est défini par la survenue précoce de tumeurs multiples pouvant concerner le cerveau, le tube digestif et le sang. Dans la cohorte du réseau européen Care For CMMRD et nord-américain IRRDC (environ 300 individus): la majorité des patients ont présenté une tumeur du spectre clinique à l'âge pédiatrique et tous les patients ont présenté au moins une tumeur du spectre à l'âge de 30 ans. Lorsque le gène PMS2 est impliqué, les âges au diagnostic sont plus tardifs mais restent le plus souvent pédiatrique (médiane à 10 ans), les tumeurs digestives sont souvent les premières manifestations. Les recommandations de surveillance sont établies à l’échelle européenne ERN GENTURIS et sont initiées cliniquement dès la naissance, complétées d’imagerie cérébrale tous les 6 mois dès le diagnostic. L'évolution échographique à 32 SA + 5 jours objective une stabilité et une absence d'autre anomalie cérébrale, à l’IRM une absence de signe de tumeur cérébrale, confirmant le caractère incident de ces variants. Le couple a demandé une IMG, autorisée par le CPDPN devant la particulière gravité de ce syndrome. Une étude familiale, des mesures de prise en charge ont été mises en place pour la découverte de la prédisposition à l’hyperthermie maligne liée à RYR1. Un diagnostic présymptomatique pour le CMMRD a été proposé au frère ainé, la prise en charge des deux parents concernant la prédisposition héréditaire au syndrome de Lynch et une étude familiale.
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Conclusion
Ce cas pose la question complexe de la découverte de données incidentes dans le contexte anté-natal et souligne l'importance d'une information claire et d'un accompagnement adapté pour les couples confrontés à de telles situations.
Hydramnios Isolé et Explorations Génétiques
Contexte et Objectifs
L’hydramnios correspond à une augmentation anormale du volume de liquide amniotique, définie par un Index de Liquide Amniotique > 24 ou une Plus Grande Citerne > 8 cm. L’hydramnios, qui concerne 1 à 2% des grossesses, est un signe non spécifique pouvant être secondaire à des causes maternelles, placentaires ou fœtales ; parmi elles, diverses causes génétiques de pronostic très variable. Les explorations génétiques devant un hydramnios isolé ne sont pas standardisées.
Méthodologie
Une étude a été menée sur 96 fœtus présentant un hydramnios isolé, diagnostiqué au deuxième ou troisième trimestre de grossesse. Une recherche ciblée de maladie neuromusculaire (amyotrophie spinale infantile et maladie de Steinert) a été réalisée dans 78 cas. 56 fœtus ont bénéficié d’une recherche de syndrome de Prader Willi. Une analyse chromosomique sur puce à ADN (ACPA) a été réalisée chez 71 fœtus. 12 fœtus ont bénéficié d’un séquençage d’exome (SE) en trio. Un fœtus a bénéficié d'une analyse ciblée du gène SOS1 en raison d'un syndrome de Noonan connu chez son père. Pour 16 fœtus, aucune analyse génétique n’a été initiée.
Résultats
Aucun diagnostic de maladie neuromusculaire ni syndrome de Prader Willi n’a été porté. Un CNV pathogène causal de novo a été identifié à l’ACPA chez 2 fœtus : une délétion 22q11.2 et une délétion 7q11.23. Un CNV incidental et un PIEV ont été identifiés chez 2 autres fœtus. Un variant pathogène ou probablement pathogène a été identifié au SE chez 3 fœtus : un variant de novo du gène TAOK1, un variant du gène MAGED2, hérité de la mère et un variant du gène ERF hérité du père. Un variant de signification inconnue a été identifié chez 2 fœtus. Enfin, le variant pathogène de SOS1 a été identifié par l'analyse ciblée en contexte familial.
Conclusion
Cette étude montre l’intérêt de proposer une ACPA et un SE en trio en cas d’hydramnios isolé, afin de préciser le pronostic et/ou d’adapter la prise en charge néonatale. L’absence de spécificité de l’hydramnios rend l’interprétation des variants difficile. De plus l’hydramnios est fréquemment diagnostiqué au troisième trimestre, ce qui expose à des diagnostics en toute fin de grossesse.
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Raccourcissement de la Longueur des Télomères (LT) et Anomalies du Développement (AD)
Contexte et Objectifs
L’EUROCAT estime que la prévalence des malformations congénitales majeures est de 23,9/1000 naissances. Plusieurs facteurs peuvent être à l’origine d’apparitions d’anomalies du développement (AD) embryonnaire et fœtal. Des études ont montré qu’il existait un lien entre le raccourcissement de la longueur des télomères (LT) et la survenue d’AD.
Méthodologie
Dans une 1ère étude, la LT a été mesurée dans le liquide amniotique (LA) et les villosités choriales (VC) en cas de RCIU et d’AD. Lors d’une 2nd étude, la LT a été mesurée sur 204 cordons ombilicaux après perte de grossesse (130 sans AD, 74 avec AD) et comparée à 21 cordons témoins issus de césariennes programmées. Enfin, dans une dernière étude, la LT fœtale et maternelle a été mesurée pour 75 grossesses évolutives présentant une AD et comparé la LT avec 49 fœtus témoins et 100 femmes témoins. Dans ces trois études, la LT a été mesurée par qPCR.
Résultats
Les résultats ont montré que la LT fœtale n’était pas influencée par l’âge gestationnel ni par le sexe fœtal. Dans le LA et les VC, un raccourcissement significatif de la LT a été observé en cas de RCIU, de malformation isolée et de polymalformations, corrélé avec la sévérité du phénotype fœtal. Dans le cordon ombilical, la LT est plus courte en présence d’AD; les diminutions les plus marquées concernent les défauts de fermeture du tube neural et les atteintes cérébrales, osseuses, cardiaques et urogénitales et les malformations multiples. La LT est également plus basse en cas d’avortement spontané, mais pas en cas de MFIU sans AD. Dans le sang maternel, la LT sanguine ajustée sur l’âge est plus courte en cas d’AD fœtale.
Conclusion
La LT mesurée sur des prélèvements fœtaux ou chez la femme enceinte émerge comme un potentiel biomarqueur pour estimer le risque de survenue d’AD en période périconceptionnelle et prénatale. L’hypothèse est que des facteurs génétiques, maternels et/ou environnementaux pourraient altérer la maintenance des télomères dans les premières semaines du développement et être à l’origine d’AD, par instabilité génomique ou insuffisance de prolifération cellulaire.
Analyses Cytogénétiques Devant une Mort Fœtale Inexpliquée (MFIU)
Contexte et Objectifs
La mort fœtale in utero (MFIU) est définie par l’arrêt spontané de l’activité cardiaque fœtale à partir de 14SA. Avant, le terme utilisé dans le cas de grossesses arrêtée est celui de fausses couches spontanées. Les causes de MFIU sont multiples incluant des anomalies chromosomiques ou géniques. En France, la prévalence de la MFIU après 22SA est comprise entre 3,2 et 4,4/1000 naissances. L’objectif de cette étude est de faire le bilan des analyses cytogénétiques effectuées en Alsace entre 2017 et 2025 devant une mort fœtale inexpliquée.
Méthodologie
Durant cette période, 239 prélèvements fœtaux ont été adressés pour MFIU dans un laboratoire. Aucune analyse génétique n’a pu être effectuée pour 7 fœtus du fait d’une contamination maternelle majeure du tissu fœtal.
Résultats
Une aneuploïdie et une polyploïdie a été mise en évidence chez 15,5% des fœtus. Dans 80% des cas ces anomalies sont détectées par les analyses de première intention (FISH et PCR aneuploïdies). Les anomalies majoritaires retrouvées sont les triploïdies (n=7) et les trisomies 18 (n=7). Une variation du nombre de copie (hors anomalie du nombre) a également été mise en évidence par ACPA dans 3% des arrêts spontanés de grossesse. Dans certains cas, le mécanisme chromosomique n’a pas pu être déterminé du fait d’une absence de pousse cellulaire.
Conclusion
Les analyses génétiques devant une MFIU sont des situations régulières de l'activité de laboratoire. Le contexte particulier de ces prélèvements précieux mais souvent de moindre qualité représente un défi pour apporter une réponse aux couples endeuillés. L’étude de cette cohorte alsacienne permet de confirmer l’intérêt d’une analyse chromosomique dans cette indication.
Wolf-Hirschhorn Syndrome (WHS) et Mucopolysaccharidosis Type I (Hurler Syndrome)
Contexte et Objectifs
Wolf-Hirschhorn syndrome (WHS) is a rare chromosomal microdeletion syndrome caused by a deletion of chromosome 4p16.3, typically de novo, characterized by prenatal-onset growth failure, distinctive “Greek warrior helmet” facies, intellectual disability, hypotonia, and seizures. Mucopolysaccharidosis type I (Hurler syndrome) is an autosomal recessive lysosomal storage disorder caused by α-L-iduronidase deficiency, leading to dermatan and heparan sulfate accumulation and resulting in coarse facial features, organomegaly, skeletal dysplasia, and developmental regression.
Cas Clinique
Description d'une fillette de 18 mois présentant des caractéristiques à la fois du WHS et du syndrome de Hurler. Elle présentait des traits craniofaciaux dysmorphiques, une fente palatine, un retard de croissance, une hypotonie et des crises compatibles avec le WHS, et a développé plus tard une déformation progressive de la gibbosité thoracolombaire, une aggravation de l'obstruction des voies respiratoires et un épaississement de la peau suggérant le syndrome de Hurler. Chromosomal …
L'Enseignement de la Médecine Générale et l'Attractivité de la Spécialité
Séminaire Obligatoire de Médecine Générale
Le séminaire obligatoire de médecine générale est le premier contact des étudiants avec l’enseignement de cette spécialité. Le séminaire a été organisé le 31 janvier 2015, d’une durée de 4 heures, annoncé comme obligatoire. Un questionnaire d’évaluation a été remis aux 408 étudiants présents (84 % de la promotion), avec notamment les questions : « seriez-vous plutôt attiré par la spécialité médecine générale ? » et « le séminaire a-t-il permis de modifier votre vision de la médecine générale ? ». 344 étudiants ont répondu au questionnaire (84 %), dont 55 % de femmes. L’organisation du séminaire et le contenu ont été jugés plutôt bons (médiane à 7/10 et 6/10 respectivement). La vision de la médecine générale était inchangée pour la moitié des étudiants et améliorée pour l’autre moitié, sans différence statistiquement significative selon le sexe (p = 0,82). Au terme du séminaire, 213 étudiants se sentaient plutôt attirés pour la médecine générale (62 % des répondants, soit 44 % de la promotion au minimum).
Conclusion
Le séminaire de médecine générale organisé au cours du deuxième cycle des études de médecine a amélioré la vision de la discipline auprès de la moitié des étudiants. Plus de 60 % des répondants étaient attirés par la spécialité, soit au minimum 44 % de la promotion. Ces résultats seront à confronter aux évaluations des 4 années précédentes.
Motivation des Jeunes Généralistes à Devenir Maîtres de Stage Universitaires (MSU)
Les effectifs des Maîtres de Stage des Universités (MSU) restent encore éloignés des besoins indispensables pour encadrer les internes de médecine générale et leur proposer à tous le stage en autonomie supervisée (SASPAS). La problématique est la même pour le 2ème cycle avec un accès partiel au stage ambulatoire pour les externes, pourtant obligatoire. Il est donc encore nécessaire de motiver des médecins généralistes à devenir MSU. Les jeunes généralistes pourraient être une cible importante du recrutement car, dans des études récentes, ils semblent exprimer leur volonté d’être MSU après leur installation. Les motivations et freins des médecins à devenir MSU ont déjà été étudiés mais sans s’intéresser spécifiquement aux jeunes généralistes.
Satisfaction des Étudiants en Stage de Médecine Générale
Depuis 2010, tous les étudiants de second cycle de la faculté de Clermont-Ferrand réalisent un stage en médecine générale de six semaines à temps plein chez un à trois praticiens agréés maitres de stage des universités (MSU). A l’issue du stage, les étudiants ont l’obligation d’en réaliser une évaluation lors d'un groupe de restitution pédagogique. La majorité des étudiants sont très satisfaits de leur stage puisque 96.23% émettent un avis général très bien ou bien. Cette satisfaction est d’autant plus importante si le MSU est jeune, de sexe féminin, exerce en cabinet de groupe et en milieu rural.
Influence du Stage Ambulatoire sur le Choix de Carrière
Un stage ambulatoire en médecine générale est obligatoire durant le deuxième cycle des études médicales (DCEM) maintenant regroupées dans l’appellation MED 3 à 6. Des travaux ont montré l’influence du stage sur choix d’une carrière en médecine générale, permettant un choix éclairé aux ECN. Le désir d’une carrière de médecine générale avait été majoré pour 54,5 % des étudiants. Il n’a pas été mis en évidence de différence significative entre les effectifs ayant pour envie de choisir la MG avant et après le stage, au risque de 5 %.
Stage de Médecine Générale et Désertification Médicale
La désertification médicale dans les zones rurales et semi-rurales touche la majorité des pays occidentaux et menace d'affecter la qualité des soins de base. En Suisse, des initiatives politiques ont vu le jour au tournant des années 2010 pour financer des projets de promotion de la médecine générale dans les régions menacées de désertification médicale. Une initiative politique originale, de portée locorégionale, a fourni à un groupe de médecins généralistes installés, des moyens financiers pour monter un programme de formation en médecine de premier recours en région semi-rurale. Cinq ans d’activité de mentorat ont permis d’accompagner dix installations en région semi-rurale ainsi que la constitution d’un groupe d'une cinquantaine de jeunes médecins intéressés à la pratique de la médecine générale dans la même région.
Implication des Externes dans la Recherche en Soins Primaires
Les étudiants du DFASM (externes) de notre région bénéficient tous d’un stage dans des cabinets médicaux de médecins généralistes agréés Maîtres de Stage Universitaire (MSU). Outre la formation aux soins de premier recours et la pédagogie appliquée à ce stage, nous leur avons proposé de participer à un protocole de recherche. Nous recherchions le délai de diagnostic de cancer en soins primaires : entre les premiers symptômes ayant nécessité une consultation en MG et le résultat anatomopathologique de cancer. Tous les externes expriment avoir été déstabilisés au départ par cette activité de recherche, mais être très satisfaits d’y avoir été impliqués.
Formation des Internes en Médecine Générale aux Situations d'Urgence
En 2006, les urgences décrites en termes de recours urgents ou non programmés, représentaient 12% de l’activité des médecins généralistes français. Les Internes en Médecine Générale sont préparés aux situations d’urgence par un stage semestriel obligatoire dans un service hospitalier agréé. Cependant, un besoin en formation est exprimé par les Internes et les jeunes médecins généralistes. En l’absence de référentiel pédagogique pour l’enseignement de la médecine d’urgence en médecine générale, l’objectif principal de ce travail était l’élaboration d’une liste d’objectifs pédagogiques hiérarchisés et spécifiques pour la formation des internes en Médecine Générale en stage aux urgences.
Organisation et Gestion du Cabinet Médical : Formation Complémentaire pour les IMG
Les internes de médecine générale (IMG) connaissent souvent mal en fin de cursus l’organisation et la gestion du cabinet médical et les différentes modalités d’exercice. Une journée d’enseignement complémentaire en « forum », alternant plénières, ateliers et stands a été mise en place et évaluée dès 2012. Les IMG y rencontrent et échangent avec leurs futurs interlocuteurs : ARS, caisses, assureurs, organismes divers de représentation professionnelle…
Groupes d'Échanges de Pratique (ECM) : Un Lieu Privilégié d'Apprentissage
En 2002, la "révolution pédagogique a eu lieu". Diverses procédures issues du paradigme d'apprentissage ont été mises en place. Les groupes d'échanges de pratique ont été mis en place dans de nombreuses facultés françaises. Ils sont, dans notre faculté, un lieu privilégié d'apprentissage et de réflexivité. Ces groupes, appelés "Entretiens Collectifs Monitorés (ECM)", réunissent mensuellement une douzaine d'étudiants autour d'un moniteur. Ils sont formés pour trois ans, évoluent et se structurent autour des productions des étudiants.
Apprentissage à la Relation Médecin-Patient en Médecine Générale
Apprentissage à la relation médecin-patient en médecine générale, à l'aide d'un outil associant la grille Calgary-Cambridge et la supervision par observation directe avec enregistrement vidéo (SODEV). L'apprentissage de la relation médecin-patient améliore la qualité des soins. C'est un enjeu majeur des études de santé. La supervision par observation directe avec enregistrement vidéo (SODEV) est la méthode pédagogique la plus adaptée.
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