Introduction
La pandémie de COVID-19 a bouleversé le monde, causant des millions de morts et des perturbations économiques et sociales sans précédent. Cinq ans après son apparition, l'origine du virus SARS-CoV-2, responsable de cette crise sanitaire, reste un sujet de débat intense. Deux hypothèses principales s'affrontent : une origine naturelle, par transmission zoonotique, et une fuite accidentelle d'un laboratoire. Comprendre l'origine de cette pandémie est crucial pour évaluer les risques actuels et futurs, et pour mettre en place des mesures de prévention efficaces. Cet article propose une synthèse des connaissances actuelles, en explorant les différentes pistes et les arguments qui les soutiennent.
La Chronologie de l'Émergence
Fin 2019, des cas de pneumonies atypiques sont signalés à Wuhan, en Chine. Début 2020, la maladie infectieuse émergente, nommée « Covid-19 » et causée par le SARS-CoV-2, se propage en pandémie. L'Organisation Mondiale de la Santé (OMS) déclare une urgence de santé publique de portée internationale le 30 janvier 2020. Le confinement général est décrété le 23 janvier à Wuhan, capitale de la province du Hubei.
D'après la Johns Hopkins University, depuis son apparition jusqu'à mars 2023, le SARS-CoV-2 a provoqué plus de 670 millions de cas de Covid-19 et 6,8 millions de décès. Le taux de mortalité est actuellement estimé entre 1 et 2 %. En France, on dénombre au moins 168 000 décès.
Caractéristiques du Virus SARS-CoV-2
Les coronavirus sont des virus enveloppés, plutôt sphériques, d’un diamètre compris entre 80 et 200 nm, à ARN simple de polarité positive. Les protéines S (spike) forment une large couronne (corona) à leur surface et les protéines N, étroitement liées à l’ARN génomique, forment la nucléocapside. La famille des Coronaviridae comprend deux sous-familles : les Coronavirinae et les Torovirinae. Les Coronavirinae sont divisés en quatre genres, appelés Alpha- , Beta- , Gamma- et Deltacoronavirus. Les coronavirus humains (HCoV) appartiennent aux Alpha- et aux Betacoronavirus. Le SARS-CoV-2 présente donc une grande diversité génétique. La souche historique du SARS-CoV-2 de Wuhan a quasiment disparu. Elle a été supplantée successivement par différents variants. En France, le variant Delta provenant d’Inde, plus contagieux et devenu majoritaire dans le monde, a été remplacé depuis fin 2021 par le variant Omicron (sous-lignage BA.1), émergé en Afrique australe. Par rapport au variant Delta, le variant Omicron a une transmissibilité plus élevée et, surtout, un échappement plus important à la réponse immunitaire.
L'Hypothèse de l'Origine Zoonotique
La première hypothèse, privilégiée par de nombreux scientifiques au début de la pandémie, est celle d'une zoonose, c'est-à-dire une transmission du virus d'un animal à l'homme.
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Le Marché de Wuhan comme Épicentre Possible
Les premiers cas de COVID-19 ont été détectés chez des personnes fréquentant le marché de Huanan à Wuhan, un marché où étaient vendus des animaux vivants, y compris des espèces sauvages. Un article soutient que l’épicentre des contaminations est dans le marché aux animaux de Wuhan (et non le WIV). Cela suggère que le virus aurait pu être transmis à l'homme par un animal infecté présent sur ce marché.
Identification des Espèces Réservoirs Potentielles
Les scientifiques ont d'abord suspecté le pangolin d'être l'hôte intermédiaire du virus, mais il est rapidement apparu que la séquence globale de son virus était finalement trop distante de celle du SARSCoV-2 pour considérer cet animal comme hôte intermédiaire.
Une étude a révélé la présence d’autres virus zoonotiques sur le marché, soulignant le risque élevé de nouvelles pandémies liées à la vente d’animaux vivants au sein de villes densément peuplées.
Arguments Contre l'Origine Zoonotique
Malgré ces éléments, plusieurs arguments remettent en question la théorie de la zoonose :
- L'homogénéité du virus initial : L’épidémie initiale est liée à un virus très homogène, « en contradiction avec un virus qui aurait circulé et qui aurait évolué au sein de réservoirs animaux avant d’atteindre des espèces au marché de Wuhan ».
- L'absence de preuve définitive : À ce jour, regrette l’Académie, « aucun résultat obtenu n’a pu apporter suffisamment d’arguments prouvant qu’une espèce animale infectée était porteuse d’un virus progéniteur de la pandémie ».
- La distance géographique : Wuhan est localisée à près de 2000 km des régions où vivent les chauves-souris qui hébergent des virus similaires au SARS-CoV-2.
L'Hypothèse de la Fuite de Laboratoire
L'autre hypothèse principale est celle d'une fuite accidentelle du virus depuis un laboratoire de Wuhan, notamment le Wuhan Institute of Virology (WIV).
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Les Activités du WIV
Le WIV est un laboratoire de haute sécurité (P4) qui étudie les coronavirus de chauve-souris, y compris des virus similaires au SARS-CoV-2. Des chercheurs ont identifié au sein du génome de la souche de Wuhan « la présence d’une petite séquence de quatre acides aminés insérés dans la séquence de la spike », la spike étant une protéine présente sur la surface du virus. Cette séquence augmente l’infection de la cellule hôte ; surtout, elle n’avait « jamais été observée auparavant au sein des protéines spike des différentes souches de sarbécovirus ».
Selon les travaux d’une commission bipartisane de la chambre des représentants des États-Unis, l’institut de virologie de Wuhan « menait des études de gain de fonction (gain of fonction, GOF), en collaboration avec des équipes américaines sur des coronavirus afin de comprendre les mécanismes de franchissement de barrière d’espèces ». Et d’ajouter : « Leur projet consistait en l’insertion de la séquence du site de clivage par la furine dans celle de la protéine spike de coronavirus, afin d’en étudier les conséquences sur l’infection de souris humanisées. Les conditions de sécurité biologique à Wuhan pour ce type de travail (BSL2 voire BSL3) sembleraient avoir été manifestement limitées et insuffisantes. »
Les Recherches sur le Gain de Fonction (GOF)
Les expériences de gain de fonction (GOF) consistent à modifier génétiquement des virus pour étudier leur potentiel de transmission et de virulence. Ces recherches sont controversées car elles peuvent augmenter le risque de création de virus plus dangereux et transmissibles à l'homme.
Un article de 2015, signé notamment par Shi et Baric, énonce : « nous avons généré et caractérisé un virus chimérique exprimant la protéine de spicule des coronavirus de chauve-souris SHC104 dans une structure génétique de SARS-Cov adapté aux souris » pour prouver que c’est faux. Ici, ils appellent virus chimérique un virus modifié par GOF. En février 2016, Daszak décrivait le travail en question : « nous créons des pseudo-particules, nous insérons les protéines de spicule de ces virus et nous voyons si elles se lient aux cellules humaines. À chaque étape, on se rapproche de plus en plus de ce virus qui pourrait vraiment devenir pathogène chez l’homme.
Les Accusations et Dénégations
Le Parti Communiste Chinois (PCC) est catégorique, bien qu’il ne fournisse pas d’éléments scientifiques et ait fait détruire des échantillons des premiers individus contaminés, ce qui fragilise son argumentation. L’autre thèse avancée par le PCC est que la contamination viendrait d’aliments congelés importés des États-Unis, d’Europe, de Nouvelle-Zélande, etc. Cependant, l’Organisation Mondiale de la Santé (OMS) a examiné les lots importés et a trouvé des traces « rares et isolées », et donc pas forcément issues des pays tiers (comprendre les États-Unis), mais peut-être les lots ont-ils été contaminés ensuite.
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Un porte-parole de l’ambassade de Chine aux États-Unis, Liu Pengyu, a balayé d’un revers de la main la fuite de laboratoire, justifiant se baser sur le rapport de l’OMS, dont « les conclusions devraient être respectées » selon lui. Elles ne sont pourtant pas conclusives ! Le porte-parole poursuit : « depuis le tout début, la Chine a eu une attitude scientifique, professionnelle, sérieuse et responsable dans le suivi de l’origine » du virus. Il ajoute que les politiciens et journalistes américains déformeraient « les faits et la vérité » et que les États-Unis devraient « arrêter d’utiliser l’épidémie pour une manipulation politique ». Le PCC se victimise.
En mai 2021, A. Fauci, conseiller pour la santé publique de huit présidents des États-Unis, a témoigné devant le Sénat étasunien que « les NIH [Instituts nationaux de santé] n’ont jamais financé et ne financent pas la recherche sur le gain de fonction à l’Institut de virologie de Wuhan ». Le 12 février 2025, Gio Jiakun, porte-parole du Ministre des affaires étrangères chinois a réaffirmé que le WIV « ne s’est jamais engagé dans des études de gain de fonction du coronavirus. Il n’a jamais imaginé, fabriqué ou laissé fuir la COVID-19 ». Pékin maintient que « le SARS-Cov2 est apparu naturellement ».
Les Enquêtes et Rapports
Un rapport de l’OMS a conclu, le 30 mars 2021, qu’une fuite de laboratoire était « extrêmement improbable ». La Chine a salué cette conclusion. Mais, dans un second rapport du 9 juin 2022, l’OMS affirme que « des données clé n’ont pas encore été rendues disponibles pour une compréhension complète de comment la pandémie de COVID-19 a commencé ». De plus, « aucune nouvelle donnée n’a été mise à disposition pour évaluer le laboratoire comme voie de diffusion dans la population humaine ». Le directeur de l’OMS « a appelé à la conduite d’études supplémentaires ». Le 27 juin 2025, le Groupe consultatif scientifique de l’OMS sur les origines des nouveaux agents pathogènes (appelé SAGO) a émis un rapport sur la même question, qui n’apporte pas plus d’éléments. Ce groupe a déclaré que « la plupart des informations nécessaires pour évaluer l’hypothèse [d’]un accident lié à un laboratoire […] n’ont pas été communiquées à l’OMS ou au SAGO. L’OMS a adressé plusieurs demandes au gouvernement chinois […]. Sans informations permettant d’évaluer pleinement la nature des travaux sur les coronavirus dans les laboratoires de Wuhan, ni informations sur les conditions dans lesquelles ces travaux ont été menés, il n’est pas possible pour le SAGO d’évaluer si la ou les premières infections humaines ont pu résulter d’un évènement lié à la recherche ou d’une violation de la biosécurité en laboratoire.
Selon un rapport daté de juin 2023, « le ministère de l’énergie et le FBI estiment qu’un incident associé à un laboratoire est la cause la plus probable de la première infection par un SARS-COV2 ». La CIA et une autre agence non nommée « restent incapables de déterminer l’origine précise de la pandémie de COVID-19 car les deux thèses reposent sur des hypothèses significatives ou doivent répondre à des défis avec des avis contradictoires ». Puis, il est écrit que « presque toutes les agences considèrent que le SARS-Cov2 n’a pas été génétiquement modifié. La plupart estiment que le SARS-Cov2 n’a pas été adapté en laboratoire mais quelques-unes ne peuvent se déterminer. Toutes estiment qu’il n’a pas été développé comme arme biologique ». Le 26 janvier 2025, la CIA a « estimé que la cause la plus probable de cette pandémie […] est un incident lié au laboratoire de Wuhan. La CIA croit que le virus responsable de la pandémie de COVID-19 a le plus de probabilité d’avoir son origine dans un laboratoire ». Le 12 mars 2025, deux journaux allemands (de Die Zeit et du Sueddeutscher Zeitung) ont révélé que l’agence d’espionnage allemande (BND) estime à 80-90 % la probabilité que le coronavirus à l’origine de la pandémie de COVID-19 ait été accidentellement libéré par le WIV.
Les Problèmes de Biosécurité
L’Académie des sciences française a rendu un avis qui mentionne des « problèmes de biosécurité et de bio-protection dans les laboratoires de Wuhan », mais appelle à développer une « culture de la maîtrise des risques en sécurité biologique » au niveau mondial et en profite pour demander plus de financement. Elle défend donc son travail et les financements publics de ses membres. C’est l’État français qui avait fourni les plans et prévoyait de construire le laboratoire P4 de Wuhan. La Chine a refusé la présence des entreprises françaises, mais gardé les plans.
Arguments Contre la Fuite de Laboratoire
Malgré ces éléments, il est important de noter qu'aucune preuve formelle n'est venue étayer cette hypothèse.
Les Variants du SARS-CoV-2
Depuis la souche originelle identifiée à Wuhan en novembre 2019, les variants se sont succédés : Alpha (B.1.17, Royaume-Uni, novembre 2020), Beta (B.1.351, Afrique du Sud, décembre 2020), Gamma (P.1, Brésil, décembre 2020), et Delta (B.1.617.2, Inde, novembre 2020). Cependant, au moment où le variant Delta pousse de nombreux non-vaccinés relativement peu âgés et des personnes âgées ou malades dans les hôpitaux, une nouvelle vague encore plus rapide déferle au début de l’année 2022 avec le variant Omicron (B.1.1.529) dont certaines souches sont parfois plus contagieuses que la varicelle et la rougeole, avec un R0 (nombre moyen de nouveaux cas qu’une seule personne contaminée va infecter) compris entre 5 et 24, soit près de 10 en moyenne, du jamais vu chez ce type de virus ce qui, compte-tenu du délai très court entre la contamination et le début de la période contagieuse, en fait le virus le plus contagieux jamais identifié.
Omicron a cependant perduré jusqu’à aujourd’hui avec ses sous-variants et a donc infecté plus de monde et probablement causé plus de morts que tous les autres variants. Beaucoup plus contagieux que les variants précédents, Omicron est aussi plus apte à échapper à la protection immunitaire fournie par les vaccins ou l’immunité naturellement acquise.
Une majeure partie de la communauté scientifique considère qu’Omicron aurait principalement évolué chez des patients humains immunodéprimés au cours d’une infection chronique qui aurait duré plusieurs mois. Cette hypothèse pourrait également expliquer l’évolution des autres variants, puisque le variant Delta ne provient pas du variant Alpha, et Omicron ne dérive pas de Delta.
La Vaccination contre le COVID-19
La vaccination généralisée a indéniablement permis de sauver un grand nombre de vies, comme le montre un taux de létalité beaucoup plus faible chez les personnes vaccinées que chez les personnes non vaccinées. Cependant, la pertinence de sa généralisation aux enfants et aux adultes jeunes en bonne santé a été discutée. En effet, dès février 2020, les premières publications chinoises avaient montré que les formes graves concernaient à plus de 80% les personnes âgés (65 ans et plus) et les malades avec des facteurs de comorbidités. De plus, au cours de la pandémie, seuls quelques enfants dans le monde seraient décédés directement du Covid 19.
L’adhésion à la vaccination a largement fluctué depuis 2020 et une défiance persiste en France : en février 2024, 30% seulement des personnes âgées de 65 ans et plus (et seulement 10% des professionnels de santé) se sont fait inoculer le vaccin, alors que plus de la moitié (54%) se sont fait vacciner contre la grippe. Et pourtant, le SARS-CoV-2 a été plus mortel que la grippe (40 000 morts estimés pour le Covid 19 en 2022 contre 9 000 à 10 000 morts par an en moyenne pour la grippe).