L'analyse des selles, notamment la coproculture, joue un rôle crucial dans l'évaluation de la santé digestive, particulièrement chez les nourrissons. Cet article explore en détail la coproculture des selles du nourrisson, son interprétation, et son importance dans le diagnostic des infections digestives.
Introduction à la flore intestinale du nourrisson
À tout âge, l'appareil digestif n'est pas stérile : il contient des milliards de germes. On dénombre en moyenne 10 milliards de bactéries par gramme de selles. Pourtant, à la naissance, aucune bactérie n’est présente dans le tube digestif. Dès les premiers repas, des bactéries (les entérobactéries, staphylocoques et streptocoques) pénètrent dans le tube digestif sans pour autant y causer d’infection. Puis, après quelques jours apparaissent les bifidobactéries et les bactéroïdes. À l'âge adulte, les selles contiennent une flore prédominante composée par les bactéries qui peuvent se développer sans oxygène (anaérobies) : bactéroïdes, eubactéries, peptocoques et bifidobactéries. On retrouve également une quantité importante d'Escherichia coli, des entérocoques, des lactobacilles, des fusobactéries et des Clostridium.
Qu'est-ce qu'une coproculture ?
La coproculture est une étape de l’examen microbiologique des selles. Il s'agit d'un examen bactériologique qui permet de détecter les bactéries et champignons responsables de 80 % des diarrhées infectieuses. Plus précisément, la coproculture consiste à mettre en culture un échantillon de selles dans des milieux spécifiques pour rechercher la présence de bactéries pathogènes. L’examen est également appelé « examen microbiologique des selles » et englobe plusieurs étapes :
- Le prélèvement des selles
- L’analyse macroscopique et microscopique (aspect, consistance, coloration de Gram, etc.)
- La mise en culture dans le but d’isoler et d’identifier un éventuel germe infectieux
- L’antibiogramme, si un germe pathogène est trouvé, pour guider le choix du traitement antibiotique.
La coproculture peut être associée à un examen parasitologique des selles pour vérifier aussi la présence de parasites.
Pourquoi et quand prescrire une coproculture chez le nourrisson ?
La coproculture systématique n’a pas d’intérêt puisque la grande majorité des diarrhées aiguës du nourrisson sont d’origine virale. La coproculture est prescrite par le médecin principalement pour déterminer la cause des diarrhées d’origine infectieuse et de certaines atteintes digestives. Elle est indiquée dans plusieurs contextes :
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- Diarrhée glairosanglante
- Diarrhée au retour d’un pays tropical
- Diarrhée prolongée
- Diarrhées aiguës sévères ou persistantes : surtout si elles s’accompagnent de fièvre, de sang ou de glaires dans les selles.
- Suspicions de diarrhées nosocomiales (acquises à l’hôpital), ou post-antibiotiques (ex. suspicion de Clostridium difficile).
- Douleurs abdominales chroniques ou troubles digestifs inexpliqués : pour éliminer une infection bactérienne.
- Retour de voyage : surtout si le patient revient d’une zone à risque (Afrique, Asie, Amérique latine) et présente des symptômes digestifs.
- Suspicion de toxi-infection alimentaire collective : la coproculture identifie le pathogène en cause.
- Patients immunodéprimés ou fragiles (nourrissons, personnes âgées, patient en aplasie…) : la coproculture permet de s’assurer de l’absence de pathogènes dangereux pour ces populations à risque.
La coproculture permet de déterminer si une diarrhée ou un trouble digestif est d’origine bactérienne ou s’il est causé par d’autres facteurs (virus, parasites, maladie inflammatoire…). Elle oriente le médecin vers le traitement spécifique adapté, notamment via l’antibiogramme et contribue à limiter la transmission de certaines infections.
Comment réaliser le prélèvement de selles chez le nourrisson ?
Chez les nourrissons, un écouvillonnage rectal est possible. Le prélèvement de selles dans les couches n’est effectué que dans l’impossibilité de recueillir des selles fraîches lors de leur émission.
Voici les étapes à suivre pour réaliser le prélèvement :
- Recueillir les selles dès émission dans un récipient propre.
- À l'aide de la spatule fournie, mettre l’équivalent d’une noix dans le récipient. Quantité nécessaire : une grosse noix pour une coproculture standard (augmenter la quantité en cas de recherche particulière type Clostridium difficile, détection de virus).
Dans tous les cas, les prélèvements de selles doivent être acheminés au laboratoire d’analyses dans les 3 à 4 heures qui suivent la défécation. En cas d’impossibilité, il est recommandé de les conserver au frais à 4°C en attendant leur transport, qui doit avoir lieu au maximum dans les 24 heures.
Analyse au laboratoire
Au laboratoire, les selles sont d’abord examinées de façon macroscopique (aspect, consistance, présence de sang, mucus, parasites visibles…) puis au microscope (examen microscopique direct des selles).
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Une fois réceptionnés, les prélèvements subissent plusieurs examens :
- Examen macroscopique: On note l’aspect général des selles (couleur, consistance, présence éventuelle de sang ou de mucus).
- Examen microscopique
- Direct : réalisation d’un état frais, recherche de globules blancs (signe d’inflammation), de globules rouges, de levures, etc.
- Coloration de Gram : pour observer la morphologie des bactéries et repérer un éventuel déséquilibre de la flore.
- Mise en culture (coproculture proprement dite): Les selles sont ensemencées sur différents milieux de culture sélectifs, en fonction des bactéries recherchées. Après 24 à 48 h (parfois plus), on observe la croissance de colonies bactériennes qu’on identifie via des tests d’agglutination, de biologie moléculaire ou de spectrométrie de masse. En cas de bactérie pathogène mise en évidence, on réalise un antibiogramme pour déterminer la sensibilité du germe aux antibiotiques.
- Examen parasitologique (si prescrit): Recherche de parasites visibles à l’œil nu (vers, anneaux de ténia) ou au microscope (Giardia, Entamoeba histolytica, etc.). Possibilité d’examens complémentaires (méthode d’enrichissement, tests immunologiques, etc.).
- Recherche de virus (Rotavirus, Norovirus, Adénovirus, etc.): Réalisée surtout chez le nourrisson, la personne âgée ou en cas de diarrhée sévère justifiant une hospitalisation. Méthodes de biologie moléculaire (PCR) ou tests rapides d’immuno-chromatographie.
La coproculture en elle-même est l’ensemencement (inoculation) des selles sur des milieux spécifiques pour isoler et identifier un agent pathogène responsable de diarrhées. Il est parfois nécessaire d’enrichir les selles en agents pathogènes par des techniques adaptées avant de les mettre en culture sur des milieux sélectifs. Les milieux sélectifs sont déterminés en fonction de l’agent pathogène recherché. Des antibiogrammes sont effectués pour étudier la sensibilité des bactéries mises en évidence aux antibiotiques.
Pathogènes recherchés
Une coproculture standard recherche les bactéries pathogènes les plus fréquemment responsables de diarrhées infectieuses et potentiellement graves.
Bactéries systématiquement recherchées:
- Les salmonelles - Salmonella: Les salmonelles sont des bacilles Gram négatif de la famille des Enterobacteriaceae. Elles sont responsables de gastro-entérites, avec possibilité de bactériémie chez les patients fragiles. La contamination est souvent alimentaire (œufs, volailles…).
- Les shigelles - Shigella: Les shigelles sont des bacilles Gram négatif de la famille des Enterobacteriaceae. Elles provoquent des diarrhées invasives avec symptômes dysentériques (glaires, sang dans les selles). La transmission est féco-orale interhumaine.
- Le campylobacter: Le campylobacter est un bacille Gram négatif incurvé, responsable de diarrhées fébriles. C’est une zoonose, l’homme se contaminant par voie alimentaire au contact d’animaux porteurs (volailles en particulier).
- Yersinia enterocolitica: Yersinia enterocolitica est un bacille Gram négatif qui provoque des gastro-entérites potentiellement sévères chez l’enfant (pseudo-appendicite). La contamination est digestive (aliments, eau).
Bactéries et parasites recherchés selon le contexte:
En fonction du contexte (voyage, terrain fragile, épidémie…), la recherche peut être élargie à d’autres pathogènes.
- Bactéries
- Escherichia coli entéro-hémorragiques : sérotypes d’E. coli producteurs de shiga-toxines (STEC), responsables de colites hémorragiques et du syndrome hémolytique et urémique chez l’enfant.
- Vibrio cholerae et Vibrio parahaemolyticus : bacilles Gram négatif, agents du choléra et de gastro-entérites chez les voyageurs ou consommateurs de fruits de mer.
- Clostridium difficile, qui libère des toxines susceptibles d’entraîner des formes graves de colite (colite post-antibiotique).
- Staphylocoques si toxi-infection alimentaire.
- Parasites: Certains parasites responsables de diarrhées invasives peuvent aussi être recherchés :
- Amibes, en particulier Entamoeba histolytica
- Schistosomes agents de bilharziose intestinale
Interprétation des résultats
Les résultats sont interprétés comme normaux lorsqu'aucun germe pathogène n'est identifié au sein de la flore saprophyte (constituée de germes non pathogènes).
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Coproculture négative
Un résultat négatif n’exclut pas forcément une origine infectieuse non bactérienne (virus, parasite…) ou une pathologie non infectieuse (maladie inflammatoire de l’intestin, par exemple). Le médecin pourra prescrire d’autres examens (parasitologie, PCR virale, bilan inflammatoire…) si les symptômes persistent.
Coproculture positive
Si une bactérie pathogène est isolée, le laboratoire réalisera un antibiogramme pour déterminer la sensibilité de la souche à divers antibiotiques. Le médecin pourra alors adapter les antibiotiques, et recommander des mesures d’hygiène (lavage des mains, désinfection des sanitaires…) pour éviter la propagation de l’infection. Dans certains cas, il pourra être demandé de répéter la coproculture afin de contrôler l’efficacité du traitement.
Si votre coproculture met en évidence une bactérie potentiellement responsable de votre diarrhée, un traitement antibiotique adapté vous sera généralement proposé par votre médecin, guidé par l’antibiogramme. Il est important de respecter la prescription d’antibiotiques (posologie, durée), même si la diarrhée.
Diarrhée aiguë chez le nourrisson
La diarrhée aiguë - ou gastroentérite aiguë - est le deuxième motif de consultation urgente de l’enfant, après les infections des voies aériennes supérieures. Les rotavirus sévissent par épidémies hivernales, causant des déshydratations potentiellement graves chez les nourrissons durant la première année de vie. En effet, la diarrhée est profuse, associée à des vomissements dans trois quarts des cas et à de la fièvre, nécessitant le plus souvent une hospitalisation. Dans les pays à forte couverture vaccinale, les rotavirus ont été remplacés par les norovirus. Elles sont beaucoup plus rarement impliquées. La diarrhée aiguë peut aussi être la première manifestation d’une maladie inflammatoire chronique de l’intestin (MICI). Elle peut exister en cas de tumeur digestive ou avoir une origine endocrinienne. Les « fausses diarrhées » sont aisément reconnaissables.
Devant une diarrhée aiguë, le plus important et urgent est d’en apprécier la gravité immédiate ou les facteurs possibles d’exacerbation rapide. Dans tous les autres cas, la prise en charge peut être effectuée à domicile. Pour une perte de poids d’environ 3 %, des signes cliniques apparaissent et leur nombre augmente avec l’importance de la déshydratation. Cependant, aucun signe n’est suffisamment sensible ni spécifique. Si le maintien à domicile est décidé, il est indispensable de donner aux parents les éléments leur permettant de savoir quand et pourquoi reconsulter, voire hospitaliser. Toutes les recommandations données aux parents doivent être écrites (impératif médicolégal). Il faut s’assurer qu’elles sont bien comprises, apprécier les compétences de surveillance et de réactivité de l’entourage.
Prise en charge de la diarrhée aiguë
Réhydratation orale et réalimentation précoce sont les deux éléments clés du traitement. La réhydratation orale est toujours indiquée, sauf en cas de collapsus ou de déshydratation gravissime. La réhydratation par les SRO seuls ne devrait pas dépasser six à huit heures. Après la reprise de l’alimentation, des biberons de SRO peuvent être proposés entre les repas tant que la diarrhée persiste. La reconstitution se fait avec un sachet de soluté pour 200 mL d’eau faiblement minéralisée, sans ajout d’autres substances. Les volumes proposés à l’enfant varient en fonction de son âge, de l’intensité de la diarrhée et de la déshydratation. L’enfant peut boire à volonté, car il est capable d’adapter parfaitement ses apports à ses besoins hydriques ; il n’existe aucun risque d’apport excessif.
Après une diarrhée très sévère, on peut craindre une sensibilisation secondaire aux protéines de lait de vache. Pour l’éviter, certains préconisent d’utiliser les hydrolysats poussés de protéines (HPP) ou de riz. Lorsque l’alimentation est déjà diversifiée (4 à 6 mois et au-delà), la réintroduction du lait est complétée par des aliments naturels permettant d’augmenter l’apport calorique : traditionnellement, riz, carottes, bananes, pommes crues, compote de pommes-coings, myrtilles, pommes de terre, volaille.
Peu de médicaments ont fait la preuve de leur efficacité ; ils ne peuvent se substituer à la réhydratation orale. Son interprétation doit être prudente. Toutes les diarrhées à shigelles - quel que soit le type - doivent être traitées en première intention par l’azithromycine (20 mg/kg/j pendant 3 jours). L’antibiothérapie doit être réservée aux formes systémiques (fièvre typhoïde), aux enfants de moins de 3 mois ou atteints de drépanocytose, aspléniques ou porteurs d’un déficit immunitaire connu. Elles sont souvent dues à Campylobacter ou aux calicivirus. Les gastroentérites aiguës les plus sévères du jeune nourrisson sont, en général, liées au rotavirus.
Prévention des infections à rotavirus
Rotateq (vaccin pentavalent) : trois doses dont la première à partir de l’âge de 6 semaines et au plus tard à l’âge de 12 semaines, avec un intervalle entre chaque dose d’au moins quatre semaines. Il est préférable que le schéma de vaccination en trois doses soit terminé à l’âge de 20 - 22 semaines. L’efficacité de ces vaccins est largement démontrée dans les pays qui les ont généralisés. La Haute Autorité de santé a levé la suspension qu’elle avait émise, et recommande, depuis le 23 juin 2022, cette vaccination chez les nourrissons de 6 semaines à 6 mois.
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