Le développement de la sélection génomique des bovins laitiers a non seulement transformé l'organisation des systèmes nationaux d'amélioration génétique, mais a également modifié les pratiques des acteurs de la sélection, bien que de manière différente selon les pays. La sélection génomique, une révolution dans les techniques de sélection, a également eu un impact sur les organisations et les pratiques des acteurs impliqués dans l'amélioration génétique. Cet article vise à présenter une synthèse de travaux comparatifs menés entre 2015 et 2017, impliquant la France, l'Irlande et les Pays-Bas, en mettant en lumière le rôle de l'embryon dans ce processus.
Contexte et Méthodologie de l'Étude Comparative
Cette analyse du secteur de la sélection génétique bovine dans trois pays européens (France, Irlande et Pays-Bas) mobilise le cadre d’analyse des régimes institutionnels de sélection au prisme de plusieurs dimensions : production de connaissances, coopération, marché, propriété, gouvernementalité. Un régime de sélection est considéré comme un régime institutionnel constitué des dispositifs politiques, scientifiques, techniques, informationnels et organisationnels qui conditionnent la dynamique d’une population animale et le progrès génétique. L’étude s'appuie sur l'analyse d'entretiens et de sources documentaires, caractérisant ainsi le régime institutionnel de sélection de chaque pays, tout en intégrant une perspective historique nationale.
Évolution des Organisations et Institutions Associées à la Sélection Animale
De précédents travaux en sciences de gestion et en sociologie ont mis en évidence les prémices d’évolutions des organisations et des institutions associées à la sélection animale, notamment en France, un pays marqué par de récents changements institutionnels. Ces études soulignent l’augmentation de la concurrence entre les acteurs autrefois coopératifs, la libéralisation des activités de sélection et des changements dans la gouvernance des races animales. Une étude comparative récente à l’échelle internationale souligne la nécessité d’une coopération des acteurs publics et privés dans le management des ressources génétiques animales et met en avant l’importance de l’implication des éleveurs.
L'innovation génomique a été largement diffusée dans de nombreux pays dotés de leurs propres systèmes nationaux d'amélioration génétique, mais elle s'est développée dans des environnements organisationnels et institutionnels différents. L'arrivée de cette technologie a-t-elle entraîné des changements similaires dans différents pays? Quels arrangements institutionnels sont observables dans chacun d'entre eux? Considérant les effets couplés des cadres politiques et réglementaires renouvelés ou en cours d'évolution et de l'émergence de nouvelles technologies, l'hypothèse est que la combinaison de ces changements communs a généré des arrangements institutionnels différents selon les contextes nationaux dans lesquels ils s'inscrivent.
Organisation du Travail de Sélection Entre Entreprises et Éleveurs
L'objectif est d'étudier l’organisation du travail de sélection entre les entreprises et les éleveurs. L’étude de ce travail de sélection permet de comprendre le rôle joué par les entreprises et les éleveurs, en ce qui concerne la répartition des activités, des décisions mais aussi des règles de propriété établies sur les ressources génétiques. Pour cela, l'accent est mis sur les contrats de sélection proposés par les entreprises aux éleveurs.
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La Race Bovine Holstein : Un Cas d'Étude Pertinent
La race bovine Holstein est un emblème mondial de la sélection génétique, et l’évolution de la sélection de cette race a été analysée dans de précédents travaux comme traceur de différentes formes d’industrialisation de l’agriculture. Dès 2008, elle est la première race à bénéficier des évaluations génomiques. Toutefois, si la Holstein peut être l’un des symboles de la marchandisation du vivant, elle n’en garde pas moins le statut de « ressource commune », tant en ce qui concerne les éleveurs que les sélectionneurs, auxquels s’ajoutent désormais d’autres parties prenantes. En effet, en tant que race animale, aucun droit privé (exclusif) de propriété intellectuelle ne peut restreindre l’accès aux animaux, ni (pour l’instant) aux produits génétiques qui en dérivent. Une race animale reste, aujourd’hui encore, la propriété commune de l’ensemble des éleveurs qui l’utilisent. Ainsi, si les unités de ressources produites par la ressource (race animale) sont des biens marchands (les animaux, les embryons, la semence), la ressource « race » est un commun. Il peut être menacé en cas de surutilisation (consanguinité, diffusion d’anomalie génétique…) ou de sous-utilisation (non-utilisation, désengagement des éleveurs…).
La race Holstein est un cas d’étude particulièrement pertinent pour analyser le paradoxe de la gestion d’une ressource commune confrontée à une marchandisation croissante des produits de cette ressource. Cette question devient de plus en plus importante dans le contexte de l’évolution récente des marchés de la génétique animale : internationalisation, libéralisation, désengagement de l’État dans le financement des dispositifs génétiques, apparition de nouvelles technologies accroissant radicalement l’évolution génétique (génomique, sexage de la semence…).
Analyse Comparative : France, Irlande et Pays-Bas
L'analyse de l’organisation de la sélection a été effectuée dans trois pays : la France, l’Irlande et les Pays-Bas. Parmi les principaux axes qui ont guidé ce choix, on retient : le caractère distribué ou concentré de l’organisation des dispositifs d’amélioration génétique, le degré d’engagement de l’État, la participation ou non au consortium européen EuroGenomics, ainsi que certaines caractéristiques de l’élevage laitier et du marché de la génétique dans ces pays.
En ce qui concerne le caractère distribué ou concentré de l’organisation des dispositifs d’amélioration génétique, le cas néerlandais se distingue des autres par sa tradition économique libérale et son organisation centralisée autour d’un acteur privé. Si l’État néerlandais a fait le choix de laisser aux professionnels le soin de s’organiser, l’État irlandais a fait un choix inverse en accompagnant la réorganisation du dispositif d’amélioration génétique au début des années 2000 et en soutenant financièrement le développement de la sélection génomique au niveau national. Ces deux situations antagonistes s’avèrent intéressantes à comparer avec le cas français, dont le dispositif historique coopératif et public a été déstabilisé par la réforme politique à caractère plus libéral : la Loi d’Orientation Agricole de 2006. Par ailleurs, contrairement à l’Irlande, la France et les Pays-Bas se sont engagés dans le consortium européen EuroGenomics pour mettre en commun des données et accélérer le développement de l’évaluation génomique dans chacun des pays participants en la rendant plus précise. Cette démarche collective de développement technologique à l’échelle de l’Europe n’a pas concerné l’Irlande.
En marge de ces observations, on a également pris en compte des caractéristiques du marché de la sélection génétique dans les pays. Les Pays-Bas sont historiquement d’importants exportateurs de génétique vers l’Europe et le reste du monde, tandis que le marché irlandais a été très longtemps majoritairement importateur. Les professionnels de la génétique en Irlande accordent une grande importance à la fertilité des animaux dans leurs objectifs de sélection. Cette particularité est liée à la saisonnalité de la production de lait en Irlande qui nécessite une bonne maîtrise de la reproduction des vaches laitières pour une bonne performance en période de forte pousse d’herbe. Ce choix s’inscrit également dans une dynamique générale de revalorisation des critères de sélection dits « fonctionnels » et de santé dans de nombreux schémas de sélection en Europe, qui est particulièrement marquée en Irlande. À dire d’experts, les professionnels français et néerlandais de la génétique Holstein n’ont pas fait évoluer les pondérations des différents critères de sélection dans les mêmes proportions. En conséquence, les objectifs de sélection Holstein diffèrent selon les pays. Par ailleurs, on a choisi trois pays dans lesquels l’industrie laitière est développée et la sélection génomique est utilisée pour accroître le niveau génétique de la race Holstein, principale race laitière dans ces pays.
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Privilégier des pays de l’Union européenne permet de comparer des pays qui sont soumis aux mêmes règlementations communautaires. Toutefois, les différentes « directives et décisions par espèce adoptées depuis 1977 […] qui ont été transposées dans les réglementations nationales, [ont] donné lieu à des interprétations parfois divergentes entre États membres ». Afin d’« harmoniser, actualiser et simplifier la réglementation à l’échelle européenne », un nouveau règlement zootechnique était en cours d’élaboration au niveau du Parlement européen en 2014, au début de l'étude. En choisissant de comparer des pays européens, cette évolution réglementaire devient un élément commun aux différents cas.
Collecte et Analyse des Données
Les données de cette étude ont été collectées lors d’entretiens exploratoires et semi-directifs complétés par des observations in situ et un corpus de documents. Pour caractériser les dispositifs nationaux d’amélioration génétique et les arrangements institutionnels, les différents acteurs du champ de la sélection ont été identifiés.
Pour le premier niveau d’analyse, le régime institutionnel de sélection de chaque pays est caractérisé à travers le prisme de cinq dimensions d’analyses : i) la gouvernementalité et l’implication de l’État ; ii) la coopération et la confiance entre les acteurs de la sélection ; iii) les connaissances et mode de production de ces connaissances ; iv) la propriété des ressources génétiques ; v) les marchés des biens et des services liés aux activités de sélection.
À un second niveau, les relations entre Entreprises de Sélection (ES) et les éleveurs dans le cadre de leurs activités de production de progrès génétique sont étudiées. Cette production de progrès génétique est matérialisée par la production de nouvelles ressources génétiques biologiques (semences, embryons, veaux mâles et femelles, vaches). Pour cela, les entreprises de sélection et les éleveurs échangent ces différentes ressources. Pour comprendre cette relation, on s'intéresse aux différentes modalités : i) d’acquisition des ressources et ii) de production de nouvelles ressources génétiques. À partir d’une analyse thématique des entretiens et des documents contractuels, l’objectif est double : i) caractériser différents modèles d’organisation de la production de ressources génétiques entre les entreprises et les éleveurs ; ii) analyser la répartition de ces modèles selon les pays étudiés. Concernant les échanges et les contrats, on distingue d’abord les différentes ressources génétiques biologiques qui sont échangées entre entreprises et éleveurs. Dans un second temps on caractérise les modalités de ces échanges entre le marché, les formes de sous-traitance et les formes contractuelles. On procède à une analyse des règles et des droits contenus dans les contrats pour comprendre la répartition des activités et des droits de propriété sur les ressources.
Le Cas Français : Évolution du Modèle Coopératif et Public
Au sein du dispositif génétique français, le développement de la sélection génomique a été assuré de manière collective entre les professionnels du secteur privé et la recherche publique, dans une volonté d’accessibilité de l’innovation par tous, de mutualisation des moyens et de partage du progrès génétique. Le long historique coopératif et public qui a porté le dispositif français parmi les plus performants en Europe, a perduré dans la dynamique de développement de la sélection génomique. Depuis la Loi sur l’Élevage jusqu'en 2018, la production de connaissances génétiques sur les animaux était assurée par une évaluation génomique publique. En parallèle de ces index officiels, des index privés (non officiels jusqu’alors) se sont développés à partir de 2010. Depuis novembre 2018, le calcul des évaluations génétiques des ruminants est réalisé par l’association GENEVAL. Ces changements témoignent d’une évolution du modèle coopératif et public qui caractérisait le dispositif d’amélioration génétique français, vers l’émergence d’un modèle contractuel et privé.
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Le marché de la génétique française de la race Holstein est à la fois national et international avec une segmentation diversifiée des doses de semences. La production de progrès génétique est caractérisée par des relations contractuelles entre éleveurs et entreprises de sélection qui assurent une protection des ressources génétiques (biologiques et informationnelles). Il existe une race « Prim’Holstein » mais la diversification des stratégies d’entreprises donne lieu à une segmentation de l’offre de semence et l’émergence d’une génétique de marque. Si l’État s’est progressivement retiré du pilotage et du financement du dispositif national au profit de l’interprofession, la visée du dispositif est de maintenir le progrès génétique accessible à tous. Malgré l’émergence d’initiatives individuelles venant notamment …
Rôle de l'Embryon dans le Développement et la Sélection Génétique
L'embryon joue un rôle central dans le processus de développement et de sélection génétique bovine. En effet, l'embryon représente le point de départ de la vie d'un bovin et contient l'ensemble du patrimoine génétique hérité de ses parents. L'analyse de l'embryon, notamment par le biais de techniques de diagnostic préimplantatoire (DPI), permet d'identifier les individus porteurs de caractéristiques génétiques intéressantes pour la production laitière, la résistance aux maladies ou d'autres critères de sélection.
Techniques de Manipulation Embryonnaire
Plusieurs techniques de manipulation embryonnaire sont utilisées pour améliorer la sélection génétique bovine :
- Collecte d'embryons in vivo : Cette technique consiste à prélever des embryons dans l'utérus de vaches donneuses ayant des qualités génétiques supérieures. Les embryons sont ensuite transférés dans des vaches receveuses moins performantes, permettant ainsi de multiplier rapidement les descendants de qualité.
- Fécondation in vitro (FIV) : La FIV permet de féconder des ovocytes prélevés sur des vaches donneuses avec de la semence de taureaux sélectionnés. Les embryons ainsi obtenus sont ensuite cultivés in vitro avant d'être transférés dans des vaches receveuses. La FIV permet de produire un grand nombre d'embryons à partir de vaches de grande valeur génétique.
- Diagnostic préimplantatoire (DPI) : Le DPI est une technique qui consiste à prélever quelques cellules d'un embryon avant son implantation dans l'utérus de la vache receveuse. L'analyse génétique de ces cellules permet d'identifier les embryons porteurs de gènes d'intérêt ou d'anomalies génétiques. Seuls les embryons présentant les caractéristiques souhaitées sont alors transférés.
- Clonage : Le clonage est une technique qui permet de créer un individu génétiquement identique à un autre. Chez les bovins, le clonage est utilisé pour reproduire des animaux ayant des performances exceptionnelles ou des caractéristiques génétiques rares.
Impact de la Manipulation Embryonnaire sur l'Amélioration Génétique
Les techniques de manipulation embryonnaire ont un impact significatif sur l'amélioration génétique bovine. Elles permettent de :
- Accélérer le progrès génétique : En multipliant rapidement les descendants d'animaux de qualité supérieure, ces techniques permettent d'augmenter le rythme d'amélioration génétique des troupeaux.
- Sélectionner des animaux plus performants : Le DPI permet de sélectionner les embryons porteurs des gènes d'intérêt, ce qui conduit à la naissance d'animaux plus performants en termes de production laitière, de résistance aux maladies, etc.
- Conserver le patrimoine génétique : Le clonage permet de conserver et de reproduire des animaux ayant des caractéristiques génétiques rares ou menacées de disparition.
- Réduire les risques de consanguinité : En utilisant la FIV et le DPI, il est possible de sélectionner des embryons issus de croisements plus diversifiés, ce qui contribue à réduire les risques de consanguinité dans les troupeaux.
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