Introduction
La France et l’Europe connaissent une recrudescence des cas de coqueluche en 2024, après trois années d’incidence quasi nulle. Simultanément, les infections des voies respiratoires supérieures et inférieures ont vu leur épidémiologie évoluer, avec une recrudescence post-COVID des infections à Mycoplasma pneumoniae et une forte augmentation des coqueluches depuis avril 2024. Cette situation complexe nécessite une surveillance accrue et une adaptation des stratégies de diagnostic et de traitement.
Épidémie de Coqueluche : Prévalence et Efficacité Vaccinale
Données Nationales
Une étude menée sur le territoire national du 1er janvier au 24 août a analysé 51 959 prélèvements par PCR (Viasure Bordetella RT PCR), permettant la détection différenciée de B. pertussis, B. parapertussis et B. holmesii. Parmi les 48 607 patients avec des informations complètes, 9 654 (19,9 %) étaient positifs. Les tranches d’âge les plus touchées étaient les 0-1 an (3,0 %), 2-5 ans (15,5 %), 6-10 ans (19,5 %) et 11-25 ans (28,5 %). Notamment, 895 (9,3 %) étaient des femmes en âge de procréer.
Le nombre mensuel d’infections par B. pertussis a été multiplié par quatre entre janvier et août 2024, avec des taux de positivité passant de 6,5 % à 26,6 %, malgré un ralentissement en juin. L’épidémie est largement dominée par la tranche d’âge des 0 à 25 ans, qui présente la majorité des cas et les taux de positivité les plus élevés. Au sein des moins de 25 ans, les 2-5 ans et les 6-10 ans affichent les taux de positivité les plus élevés (respectivement 48,9 % et 52,2 % en août), malgré le calendrier vaccinal visant à les protéger (primovaccination à 2 et 4 mois, rappel à 11 mois, et recommandation de rappel à 6 ans et à 11-13 ans).
Situation en Occitanie
En région Occitanie, 1110 cas de coqueluche ont été diagnostiqués en un mois et demi, avec une forte prédominance de B. pertussis (1090/1110, soit 98,56 %). B. parapertussis a été rarement retrouvé (16/1110, soit 1,44 %). Aucun échantillon n’était positif pour Legionella pneumophila. L’épidémie de coqueluche, presque exclusivement à B. pertussis, circule activement dans la région, et la vaccination ne semble pas empêcher ni le portage ni les symptômes de coqueluche chez les enfants.
Implications de l'Efficacité Vaccinale
Les fortes prévalences observées dans les populations jeunes, qui semblent être le moteur de l’épidémie, posent la question de l’efficacité vaccinale. Une étude spécifique future est nécessaire pour évaluer cette efficacité et comprendre les raisons de ces taux de positivité élevés malgré la vaccination. La vaccination ne semble pas empêcher ni le portage ni les symptômes de coqueluche chez les enfants.
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Infections à Mycoplasma pneumoniae : Tendances et Facteurs de Risque
Recrudescence Post-COVID
Les infections à Mycoplasma pneumoniae (Mp) ont connu une recrudescence post-COVID, incitant à une documentation rapide pour une prise en charge clinique optimale et un traitement précoce par macrolides. Entre octobre 2023 et juillet 2024, des écouvillons nasopharyngés ont été prélevés chez des enfants de moins de 15 ans examinés aux urgences ou hospitalisés pour des symptômes pulmonaires. Sur 175 échantillons prélevés pour Mp, 65 (37,1 %) étaient positifs avec MuP (Mycoplasma pneumoniae PCR).
Analyse des Facteurs de Risque
Une analyse rétrospective de séries de cas a été réalisée sur les patients adultes admis au CHU de Marseille de juin 2017 à juin 2024, avec une PCR nasopharyngée et/ou respiratoire positive pour Mycoplasma pneumoniae. Au total, 202 patients ont été inclus. Les caractéristiques cliniques, biologiques et radiologiques ne différaient pas significativement entre la période 2017-2022 (période 1) et l’épidémie actuelle (période 2), hormis que les patients de la période 2 étaient moins oxygénorequérants et moins fréquemment fébriles à l’admission. Les facteurs de risque indépendants d’infection sévère à Mp étaient l’âge, la présence d’une tachycardie, d’expectorations purulentes et de co-infection au moment du diagnostic.
Impact sur les Hospitalisations
Au cours de l’épidémie actuelle, un plus grand nombre d’hospitalisations pour une infection à M. pneumoniae ont été observées au CHU de Marseille par rapport aux cinq années précédentes. Les caractéristiques cliniques, biologiques et radiologiques demeurent comparables à celles des années antérieures.
Diagnostic Rapide des Infections Respiratoires en Pédiatrie
Intérêt des Panels Multiplex
Les panels multiplex sont intéressants car ils permettent de documenter l’infection virale ou bactérienne en deux heures. Sur 69 échantillons prélevés pour Bordetella pertussis (Bp), 28 (40,6 %) étaient positifs avec MuP. Les résultats étaient concordants avec les RT-PCR dans 163 cas (93,1 %) pour Mp et 55 cas (79,7 %) pour Bp.
Concordance et Sensibilité des Tests
La concordance du panel MuP avec la RT-PCR est modérée pour Bp mais très bonne pour Mp. Sur les 12 discordances Mp, une seule était MuP-/RT+, montrant une plus grande sensibilité de MuP, possiblement liée à un portage non responsable de la symptomatologie. MuP permet la détection simultanée de Mp et Bp avec un délai de rendu beaucoup plus rapide que la RT-PCR (2 heures versus >= 12 heures), ce qui est un réel progrès pour la prise en charge des infections respiratoires en pédiatrie, notamment pour éliminer une infection bactérienne.
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Impact du Traitement par Ivacaftor-Tezacaftor-Elexacaftor (ETI) sur la Colonisation Bactérienne Bronchique chez les Patients Atteints de Mucoviscidose
Contexte
La mucoviscidose est causée par des mutations du gène de la protéine CFTR. Pour la majorité des patients qui y sont répondeurs, le traitement par ivacaftor-tezacaftor-elexacaftor (Kaftrio, ETI) entraîne une nette amélioration de leur état respiratoire et une relative diminution ou disparition rapide des sécrétions bronchiques. L’examen cytobactériologique des crachats (ECBC) est l’examen de référence pour analyser leur colonisation bactérienne bronchique.
Écouvillon Oropharyngé (EO) comme Alternative
L’écouvillon oropharyngé (EO) pourrait être une solution pour évaluer la flore bronchique chez les patients devenus non sécrétants et donc non expectorants, y compris après une séance de kinésithérapie respiratoire. Dans un hôpital, les patients n’arrivant pas à expectorer ont eu systématiquement un EO. Le but de cette étude est d’évaluer l’apport de l’EO chez les patients sous ETI.
Résultats de l'Étude
Dans une étude rétrospective, tous les patients suivis au CRCM depuis au moins un an avant la mise sous ETI ont été inclus. Trois périodes ont été analysées : les années n-1, n+1, n+2 autour de la mise sous ETI. Les données colligées chaque année ont été : nombre de consultations et d’hospitalisations, nombre d’ECBC et d’EO, prélèvements positifs à S. aureus, P. aeruginosa, Stenotrophomonas spp, Burkholderia spp et Achromobacter spp.
63 patients ont été inclus entre février 2020 et août 2023. Parmi eux, des données étaient disponibles chez 54 patients pour l’année n+2. Les patients ont été vus en consultation de pneumologie en moyenne 5,3, 4,7 et 3,7 fois par an respectivement les années n-1, n+1 et n+2. Le nombre moyen d’hospitalisation annuelle était de 0,8, 0,4 et 0,2 respectivement les années n-1, n+1 et n+2. Le nombre moyen d’ECBC et de EO par patient était respectivement de 5,6 et 0,4 l’année n-1, 3 et 1,6 l’année n+1 et 2,2 et 1,5 l’année n+2. L’ECBC seul permettait de mettre en évidence la colonisation par au moins une bactérie pathogène chez 67 % des patients l’année n+1 et 54 % des patients l’année n+2.
Portage Nasopharyngé d’Haemophilus influenzae et Résistance aux Antibiotiques chez les Enfants en Algérie
Contexte et Nécessité de l'Étude
Haemophilus influenzae est l’une des principales bactéries du nasopharynx pouvant causer des infections, en particulier chez les enfants. Le changement du profil bactériologique des souches d’H. influenzae responsables d’infections, ainsi que l’absence de données épidémiologiques en Algérie sur le portage de cette bactérie, soulignent la nécessité de déterminer la prévalence du portage nasopharyngé d’H. influenzae chez les enfants de moins de 5 ans asymptomatiques et d’étudier le profil de sensibilité aux antibiotiques.
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Méthodologie
Des prélèvements nasopharyngés ont été collectés chez les enfants au niveau de la PMI du CHU Mustapha à Alger, durant une période de 4 mois allant du 3 mars au 20 juin 2024 et analysés au Laboratoire Central de Biologie Médicale (LCBM) à l’EHS EL HADI FLICI (Ex El Kettar). H. influenzae a été identifié par des méthodes microbiologiques standards. L’étude de la sensibilité aux antibiotiques a été réalisée par méthode de diffusion des disques et la détermination de la concentration minimale inhibitrice (CMI) à l’ampicilline par E-test conformément aux recommandations du Clinical and Laboratory Standards Institute (CLSI) 2020. Le sérotypage a été effectué par l’agglutination au latex spécifique du sérotype b. La détermination du biotype s’est faite par la recherche d’urée, indole et ornithine décarboxylase.
Résultats
Parmi 159 enfants inclus, 24 (15,1 %) étaient porteurs d’Haemophilus spp., avec 16 (10,1 %) souches identifiées comme H. influenzae. Toutes les souches d’H. influenzae étaient de sérotype non b et de biotype différent. La résistance à l’ampicilline était de 37,5 % (n=6) par production de pénicillinase (n=3) et modification de PBP3 (BLNAR) (n=3). Les CMI de l’ampicilline étaient entre 1 et 4 µg/ml chez 2 souches et ≥4 µg/ml chez 4 souches. Aucune résistance à l’amoxicilline/acide clavulanique et au céfotaxime n’a été détectée. Six souches étaient résistantes à trimétroprime-sulfaméthoxazole.
Conclusion
Cette étude, la première en Algérie, fournit un premier aperçu sur le taux de portage nasopharyngé d’H. influenzae chez les enfants et la résistance aux antibiotiques, notamment aux bêtalactamines.
Résistance aux Antibiotiques et Sérotypes des Souches de Pneumocoque Isolées d’Infections Invasives
Analyse des Données Régionales
Une analyse des données de résistance aux antibiotiques et des sérotypes des souches de pneumocoque (Streptococcus pneumoniae, Sp) isolées d’infections invasives (IIP) entre 2009 et 2023 dans l’Observatoire Régional du Pneumocoque (ORP) Pays de la Loire a été réalisée. Les souches isolées de liquide cérébro-spinal (LCS) et d’hémocultures chez l’enfant (E) et l’adulte (A) ont été étudiées pour leur résistance à la pénicilline G (PEN), à l’amoxicilline (AMX) et au céfotaxime (CTX) et interprétées selon les recommandations du CASFM/EUCAST 2023. Le sérotypage a été réalisé par le CNRP sur un quota de souches.
Tendances de la Résistance
La résistance à la PEN reste globalement stable ces dernières années. Concernant les LCS, en 2023, 7 % des souches de Sp isolées chez l’adulte étaient résistantes à l’AMX, mais aucune au CTX.
Évolution des Sérotypes
En 2023, les sérotypes du vaccin PCV13 ne représentent plus que 27 % des souches de Sp isolées d’IIP chez l’adulte et 0 % chez l’enfant. Chez l’adulte, la plus grande couverture vaccinale est obtenue avec le PPV23 (73 %), suivie du PCV20 (64 %). Chez l’enfant, le nouveau vaccin PCV15 couvre 28 % des souches de Sp isolées d’IIP et le PCV20, 67 %, mais l’effectif est faible (n=17). Chez l’adulte, les sérotypes 3 et 19A restent encore très présents, ils représentent 24 % des souches isolées d’IIP. De plus, on note une augmentation majeure du sérotype 8 qui représente en 2023 17 % des souches isolées.
Impact de l’Assurance Maladie sur la Prescription des Tests IGRA pour le Diagnostic de l’Infection Tuberculeuse Latente
Contexte
La tuberculose est l’une des 10 premières causes de mortalité dans le monde et entraîne 1,8 million de décès chaque année. L’infection tuberculeuse latente (ITL) est définie comme un état de réponse immunitaire persistante à la stimulation par les antigènes de Mycobacterium tuberculosis sans signes cliniques d’une tuberculose maladie. Le diagnostic de l’ITL s’effectue à l’aide d’un test cutané à la tuberculine (TCT) ou de tests Interféron Gamma Release Assay (IGRA).
Évolution de la Prescription des Tests IGRA
Au laboratoire Eurofins-Biomnis, les tests IGRA sont réalisés avec le kit Quantiféron Gold Plus, Qiagen® (QTF). Les demandes de QTF au sein de ce laboratoire ne cessent de croître ces dernières années (en moyenne +24 %/an sur les 3 dernières années). Fin 2022, l’Assurance Maladie a ajouté la mention « exposition documentée à un cas index sujets > 15 ans » dans la liste des indications pour lesquelles les tests IGRA sont pris en charge (JO 16.12.2022).
Analyse des Résultats
Une analyse a été effectuée pour déterminer les pourcentages de croissance entre les deux périodes (avant et après l’ajout de l’indication) et comparé les pourcentages de QTF positifs sur les deux périodes étudiées. Une croissance majeure de la prescription de QTF pour l’indication « exposition à un cas index » (+157,30 %) a été observée entre les deux périodes. En outre, une diminution globale du nombre de QTF positifs ainsi qu’une baisse significative du pourcentage de QTF positifs entre les deux périodes ont été constatées.
Conclusion
Ces résultats sont en faveur d’un impact positif et immédiat de l’ajout d’une nouvelle indication de remboursement des tests IGRA par l’Assurance Maladie.
Évaluation d'un Kit PCR Vétérinaire pour la Détection de Nocardia dans les Prélèvements Respiratoires Humains
Contexte
Le diagnostic bactériologique de nocardiose repose principalement sur la culture, qui s’avère longue et fastidieuse. La PCR BactoReal® Nocardia spp. à usage vétérinaire est le seul test de PCR en temps réel commercialisé disponible pour la détection des Nocardia.
Objectif
L’objectif de ce travail a été d’évaluer rétrospectivement les performances de ce kit sur des prélèvements respiratoires enrichis artificiellement en Nocardia et en bactéries apparentées.
Méthodologie
Dans un premier temps, le kit a été évalué sur 46 échantillons (23 LBA et 23 crachats) qui ont été artificiellement enrichis à partir de culture de Nocardia. Au total, 15 souches de Nocardia caractérisées (10 espèces différentes) et huit autres bactéries appartenant à la classe des Actinomycètes ont été utilisées.
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